招生对象不同，全日制大专招生对象为高考生，自学考试招生对象凡是中国公民不受性别、年龄、民族、种族、宗教信仰、财产状况及已受教育程度的限制。报考次数不同，全日制大专每年只可以报考一次，自学考试大专每年可以报考两次。
制度不同
全日制大专是一种全天候教学体制的大学。包括普通高校、民办院校（有统招资格）、军事院校、艺术院校、成人教育都包括在内。学生入学约两个月之后在高等教育网上能够查到学籍，如果不能查到学籍就不是普通高校全日制的学生。
自考大专考试是我国高等教育基本制度之一，是我国现阶段高等教育的一个重要组成部分，是以学历考试为主的高等教育国家考试制度；是个人自学、社会助学、国家考试相结合的高等教育形式。
学习形式不同
全日制专科需要采用全日制的学习形式，通常是三年，而自考本科的学习时间比较自由，只需自学然后定期参加考试即可。
证书外皮上的字不同
全日制大学毕业证外壳写的是“某某学校毕业证书”。
而自考大专毕业证书上写“高等教育自学考试”。
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