长期投资审计应重点把握的问题有：
1、审查确认股票投资入账价值是否按实际支付款扣除应收股利后的差额确定。查明对被投资单位拥有实际控制权的股票投资核算是否采用了权益法。如果没有，确认是否采用了成本法；
2、审查确认债券投资入账价值是否按实际支付款计算，含有应计利息的是否扣除应计利息，查明债券溢价和折价在债券到期前采用直线法予以摊销的正确性；
3、审查确认以实物和无形资产投资的是否以资产评估或合同协议认定的价值入账。
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