科目资金审计是以财政收支分类科目为基础的一种财政收支审计方式，兼有预算执行审计、专项资金审计和绩效审计的内容和特点，并实现了三者的有机结合。
科目资金审计在审计内容方面强调资金的预算安排和支出情况的全覆盖，在资金使用效益与政策目标实现方面，重视构建财政审计评价指标体系。
科目资金审计有重点有目的地选择某些收支科目进行审计，可以较好地突出政策性，符合财政审计一体化的总要求，为找准新时期财政审计工作的重点和着力点提供了方向。
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