财经法纪审计应注意的问题有：
1、违反财经法纪与经济犯罪的区别。财经法纪包括财经纪律、财经法律和财经法规。违反财经纪律的行为一般不会造成严重危害，处理也以一般性的批评教育为主。违反财经法律、法规的行为统称为违法行为，是财经法纪审计的主要对象。违法行为分为经济犯罪和一般违法行为。经济犯罪应受刑法处罚，一般违法行为则是违法情节轻微、危害不大的行为。
2、财经法纪审计中的合理性与合法性的矛盾。在财经法纪审计中，要处理合理性与合法性的矛盾，一方面要依赖于法律、法规本身的严密、合理与健全程度，另一方面还应遵循相应的原则，包括合法性行为必须强调经济效益的原则，合理性行为必须强调社会效益的原则。
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