农民负担审计的标准有：
1、权威性原则。地方性法规如果与中央政府法规相抵触，应以后者为准，以维护中央的权威。
2、时效性原则。国家颁布的临时法规、条例只能在规定的时限内有效，中央及地方政府颁布的法规、条例以最新颁布的为准。
3、地域性原则。国家颁布的农民负担法规、条例除特别规定外，在全国范围内有效，地方政府颁币的农民负担法规、条例只适用于本地区。
4、灵活性原则。农民负担审计标准中可能存在不合理、不合法的情况，审计过程中也可能存在无法可依的情况，审计人员应灵活处理，凡是有损农民利益的规定，应及时向有关部门提出建议，予以修改或废止。
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