证券回购协议和证券抵押贷款的区别在于证券回购协议实质上是交易双方进行以证券为权利质押的一种短期资金融通。而证券抵押贷款一般是指抵押贷款证券，是信贷资产证券的一种，主要收益来源为抵押担保证券还款现金流。
证券回购协议主要有两种交易方式：以同样的价格出售和回购证券，同时融资方在到期时以双方商定的比例支付一定的利息作为报酬；另外是以证券回购价高于出售价，将资金供给方的利息收益转入价差之中。
证券抵押贷款一般是指抵押贷款证券，是信贷资产证券的一种。个人住房抵押贷款证券（RMBS）是信贷资产证券的一种，银行委托第三方机构将旗下优良的个人住房贷款以信托或债券形式出售给机构投资者，受托机构将所获利润根据事先与银行约定的比例交给银行。
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