南京理工大学没有分校，但有一些独立的学院、研究所、实验中心和附属医院，包括：
1. 物理科学与技术学院
2. 化学工程学院
3. 机械工程学院
4. 材料科学与工程学院
5. 计算机科学与工程学院
6. 电子科学与工程学院
7. 自动化学院
8. 能源与动力工程学院
9. 生命科学与技术学院
10. 经济与管理学院
11. 外国语学院
12. 法学院
13. 地球空间信息科学与技术学院
14. 光电工程学院
15. 工程训练中心
16. 现代分析中心
17. 光电传感与控制技术国家重点实验室
18. 生物医学工程研究所
19. 战略导弹工程技术研究中心
20. 南京理工大学附属医院。
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