药店的机打发票和普通发票的区别如下：
1、开具企业类型不同，机打发票是小规模纳税人开具的，而普通发票是小规模纳税人和一般纳税人都可开具的。
2、税率不一样，国税通用机打发票是增值税率3%。增值税普通票增值税根据开具企业适用行业不同税率也不同。
3、金额含义不同，国税通用机打发票只有金额没有税额，增值税普通发票既有金额也有税额。
4、开票系统不同，通用机打发票使用的是开票软件，严格来讲不属于税控系统，常用于小规模纳税人。增值税普通发票，与增值税专用发票共一个税控系统。
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