区别如下：
1·隶属部门不同：教育部直属高校隶属于中华人民共和国教育部，由教育部直接管理。省属高校则隶属于当地省教育厅，由省教育厅直接管理。通常情况下，教育部直属高校会有更多的行政资源和平台，比如教育部的本科生质量工程、优势学科评选等等，甚至国家留学基金委公派留学都是部属院校有先天优势。
2·财政来源不同：教育部直属大学由教育部财政供给，是由国家财政出资建设。省属高校主要由地方财政供给，由地方行政部门划拨经费进行相关院校建设。一般来说部属高校比省属高校拨款相对于高些，比如排在前3位的清华大学年拨款达到了317亿，浙江大学228亿，北京大学221亿……但也不是所有的部属大学都比省属高校多，比如有钱的广东省，深圳大学每年拨款达60亿，还有南方科技大学拨款达到41亿，这几个高校比教育部直属高校中央戏剧学院3.9亿多了几十个亿。
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