区别是创立时间不同，所在地区不同。
历史渊源说明如下：
1895年，张伯苓在天津，在没有国家财政资助的情况下，历尽千辛万苦创办了南开系列学校：南开中学，南开女中，南开小学，南开大学。培养了一大批为祖国做出重大贡献的杰出人才。
1937年，日军占领天津，在国家的帮助下南开中学迁往大后方重庆，重新在重庆建立了南开中学，于当年开始招生。
1946年日本投降，清华，北大，南开各自回平津复校。就这样天津和重庆都有了“南开”学校。所以说无论天津还是重庆都是真的南开！每个南开人都秉承着南开的校训：允公允能 日新月异。他们是：
同一个校名，
同一个校训，
同一个创始人，
同一个老校长，
同一个紫色，
同一个容止格言，
同一个校徽，
同一个南开人！
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