两个专业我都读过。
我觉得你说的是指大学招生上的。在大学招生上，化学工程的大类下，有化学工程与工艺专业，制药工程专业。少数学校有制药工程大类，下面分制药工程、生物工程两个专业。
化学工程与工艺专业，就是平常说的化工专业，是比较一般化的，所学的内容广泛适用于流程工业，像石化、食品、材料、制药等都算流程工业。所以，化工专业所学的内容也可以去搞制药，但相比制药工程就不够专业化，但就业面要比制药广。
制药专业是比较具体化的，我本科的时候有很多的课程是跟化工专业重复的，但有少数核心课程，化工专业没有，比如工业药剂学这类的。与此同时，化工专业的一些核心课程，制药专业也没有，但有类似的课程，比如化工专业的分离工程，在制药专业就变成了制药分离工程。选修课差异就比较大了。
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