区别在于：定义不同、其设置不同、基本工作内容不同。
1、定义不同：事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。专业技术职务是根据实际工作需要设置的有明确职责、任职条件和任期，需要具备专门的业务知识和技术水平才能担负的工作岗位。
2、其设置不同：事业单位是国家设置的带有一定的公益性质的机构，但不属于政府机构，与公务员是不同的。直接从事专业技术管理工作的部门设置专业技术职务问题，由中央职称改革领导小组另行规定，报国务院批准。
3、基本工作内容不同：事业单位是参与社会事务管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。专业技术基本内容是：根据实际需要设置专业技术工作岗位，规定明确的职责；在定编定员的基础上，确定高、中、初级专业技术职务的合理结构比例。
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