1、定义不同：科员，一个科里不是领导的成员，在公务员制度与参照公务员制度管理的党的机关工作人员的职务与级别为十八级至二十六级。而办事员是工作人员的一种职别。
2、职务级别不同：科员和办事员均为国家公务员序列的非领导职务，科员比办事员高一个职务级别。非领导职务从高到低，依次为巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员，副主任科员、科员、办事员这八个层次。办事员是最低一级的非领导职务。
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