南方科技大学医学院于2018年正式立项成立。医学院共有附属及合作教学医院10所。其中，附属医院4所：南科大第一附属医院（深圳市人民医院）、南科大第二附属医院（深圳市第三人民医院）、南方科技大学医院，以及校本部医院（在建）；南方科技大学盐田医院（深圳市盐田区人民医院）为区校共建医院；与中国医学科学院肿瘤医院深圳医院共同建设“南方科技大学临床教学医院”；与深圳市康宁医院合作共建附属精神卫生中心。此外，医学院还分别与深圳市儿童医院、深圳市妇幼保健院及北京大学深圳医院签订教学科研合作协议。
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